El Equipo de Era7 Bioinformatics

Era7 Bioinformatics es una empresa bioinformática especializada en análisis de secuencias, gestión de conocimiento e interpretación de datos masivos.

Nuestra área de competencia gira en torno al análisis de secuencias biológicas, en particular al manejo y análisis de los datos resultantes de secuenciación NGS (Next Generation Sequencing).

Nuestro equipo incluye bioinformáticos, matemáticos, desarrolladores de software, bioquímicos, biotecnólogos y médicos.  Un equipo multidisciplinar como el nuestro, que cuenta también con investigadores con experiencia en múltiples campos capaces de integrar diversos tipos de conocimiento, nos permite entender los problemas, analizarlos desde distintos puntos de vista y utilizar todos los recursos técnicos de distintas áreas para resolverlos.

Estamos participando en varios proyectos de investigación y lideramos proyectos propios de investigación como BG7 o Bio4j. Nos gusta nuestro trabajo y somos un equipo entusiasta, con pasión por las secuencias y las nuevas tecnologías. Los proyectos complicados son para nosotros un desafío y disfrutamos diseñando y desarrollando nuevas soluciones.

 

Eduardo Pareja, Director Ejecutivo

Eduardo Pareja, Director Ejecutivo

Eduardo Pareja es Doctor en Medicina y empezó trabajando en Inmunología de Transplante, investigando en 1981 en su tesis doctoral sobre los antígenos HLA-DR mientras trabajaba como profesor de Bioquímica en la Universidad de Córdoba. Más tarde trabajó como Jefe de Sección de Inmunología, dirigiendo la Unidad de Inmunología de Transplante en el Hospital Universitario Virgen de las Nieves (HUVN) de Granada. Muy pronto se convertiría en pionero en España en la aplicación de la Biología Molecular al ámbito de la Inmunología Clínica. Al mismo tiempo trabajó en Bioinformática y Biología Teórica desarrollando programas para tipaje genómico de clase II. En este periodo publicó artículos con alto índice de impacto en revistas internacionales, dirigió varias tesis doctorales y diseñó métodos innovadores de genotipado de genes HLA-DR. Durante su última etapa de trabajo en el HUVN estuvo a cargo del área de Aplicaciones Web en el Departamento de Informática Médica del hospital.

En 2005 abandonó su puesto en el Hospital para fundar, junto a Raquel Tobes, Era7 Bioinformatics (www.era7bioinformatics.com). Trabajando como Director Ejecutivo de Era7, Eduardo Pareja ha construido un equipo multidisciplinar y ha conseguido que Era7 Bioinformatics sea una empresa líder en NGS en España. En 2012 consigió abrir una empresa subsidiaria en Cambridge, USA (Era7 bioinformatics INC) focalizada en "Bacterial Genomics" donde durante estos años ha conseguido un reconocido prestigio gracias a su cartera de soluciones bioinformáticas especializadas y a las relaciones internaciones que Eduardo Pareja ha ayudado a establecer.

Publicaciones de Eduardo Pareja en Research Gate:

Perfil LinkedIn de Eduardo Pareja:

Cuenta Twitter de Eduardo Pareja:

Raquel Tobes, Directora de Investigación

Raquel Tobes, Directora de Investigación

Licenciada en Medicina. Su tesis doctoral se centró en el desarrollo de nuevos algoritmos para la búsqueda de patrones en secuencias biológicas basada en autómatas deterministas finitos.

En 1984 inició su formación autodidacta en Bioinformática colaborando con Eduardo Pareja en investigación. Después trabajó en el CSIC donde inició un grupo de Bioinformática publicando improtantes trabajos dentro del entonces naciente campo de la genómica bacteriana. 

En 2004 se unió a Eduardo Pareja en la aventura de fundar Era7 Bioinformatics y desde entonces ha desarrollado allí su tabajo como Directora de Investigación.

Sus áreas de especialización son Bioinformática y Genómica bacteriana. En Bioinformática es especialista en el diseño y desarrollo de nuevos algoritmos y pipelines de análsis de datos NGS. En genómica bacteriana sus principales líneas de investigación son secuencias repetitivas, plasticidad genómica, bases de datos, anotación de genomas, nuevos métodos para genómica comparativa y nuevos algoritmos de análisis de datos de metagenómica.

Publicaciones de Raquel Tobes en PubMed:

Perfil de Raquel Tobes en LinkedIn:

Cuenta Twitter de Raquel Tobes:


 

Marina Manrique, Directora de Operaciones

Marina Manrique, Directora de Operaciones

Máster en Bioquímica y Máster en Biología Matemática. Marina tiene ya una amplia experiencia en NGS tanto en el diseño experimental de laboratorio como en el análsis bioinformático. Es una pieza clave en el desarrollo de proyectos ya que además cuenta con conocimiento especializado en Genómica Bacteriana. Estuvo muy involucrada en conseguir la primera anotación del genoma de Escherichia coli EHEC del brote alemán de 2011. Desde entonces ha anotado y analizado cientos de genomas de bacterias. 

Tiene especial interés en rutas metabólicas de bacterias y en el estudio de patógenos gram-positivos con sus apasionantes sistemas de interacción con el huésped.

Trabaja de forma activa en todos los proyectos de investigación de Era7 dentro del grupo de investigación Oh no sequences! .

Perfil Mendeley de Marina Manrique:

Perfil LinkedIn de Marina Manrique:

Cuenta de Twitter de Marina Manrique:

Eduardo Pareja-Tobes, Director Técnico

Eduardo Pareja-Tobes, Director Técnico

Matemático. Dirige el departamento de desarrollo de software bioinformático y computación en la nuebe. Trabaja en el diseño de algoritmos y en el diseño y desarrollo de arquitecturas cloud.

Sus intereses en el campo de la investigación se centran en los algoritmos para el análisis de secuencias y la teoría de categorías. 

Ultimamente está muy interesado en nuevos planteamientos matemáticos para el desarrollo de algoritmos de indexación para datos NGS. Dirige un nuevo proyecto de investigación en este área en Era7 Bioinformatics.

Eduardo ha sido y es clave en el proyecto Bio4j ya que introdujo la utilización de bases de datos de grafos y actualmente está dirigiendo la construcción de una nueva versión de Bio4j en Scala.

De mente abstracta  y temperamento radicalmente investigador es un elemento clave en los más importantes proyectos de investigación de Era7 dentro del grupo Oh no sequences!

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Alexey Alekhin, desarrollador de software

Alexey Alekhin, desarrollador de software

Matemático. Se graduó en Matemáticas en la Universidadde  San Petesburgo.

Participó, en Era7 Bioinformatics, como "Early stage researcher" en el proyecto INTERCROSSING International Training Network. Despues de los 3 años de formación del proyecto fue contratado en Era7 para trabajar en el departamento de desarrollo de software bioinformatico ycomputación en la nube. Trabaja en varios proyectos de Investigación de fuente abierta de Era7 dirigido por Eduardo Pareja-Tobes y está terminando su Tesis Doctoral aplicando conceptos de teoría de categorías para desarrollar algoritmos y herramientas bioinformáticas.

Perfil en ResearchGate:

Perfil en LinkedIn:


 

Raquel Ruiz, Directora de Laboratorio

Raquel Ruiz, Directora de Laboratorio

Tesis Doctoral sobre la caracterización de reguladores transcripcionales positivos de bacteria. Más de 15 años de experiencia en Laboratorio de Investigación. Trabajó en el CSIC investigando la regulación transcripcional de rutas metabólicas de bacteria y en un segundo período la microbiota gastrointestinal. Cuenta con una gran experiencia en microbiología molecular avanzada dominando técnicas de biología molecular que incluyen la extracción de DNA de muestras complejas, clonaje, real-time PCR, expresión génica y técnicas de cultivo celular (mantenimiento de líneas celulares, transfección y distintos ensayos celulares).