Pacific Bioscience (PacBio): Secuenciación de tercera generación

Pacific Bioscience (PacBio): Secuenciación de tercera generación

La tecnología PacBio es quizá la más importante dentro de la llamada secuenciación masiva de tercera generación. Durante el último año y especialmente debido a sus nuevos sistemas de ensamblaje que corrigen los errores y a una disminución del coste de la secuencia, ha conseguido abrirse paso siendo la tecnología de elección para proyectos de investigación muy específicos.  Así, es la mejor tecnología para obtener un genoma cerrado de bacteria o para detectar y confirmar isoformas en genomas con patrones de splicing muy complejos.

La tecnología PacBio está basada en la secuenciación Single Molecule Real Time (tecnología SMRT).

Ventajas de PacBio

  • Reads muy largas

    Esta tecnología consigue reads de longitudes de hasta 30,000 pb con un tamaño medio de entre 4,200 y 8,500 pb.

  • Distribución de los errores casi aleatoria

    Esta es una gran ventaja ya que, aumentando la cobertura, pueden corregirse los errores, mientras que en el caso de los errores no aleatorios, incluso aumentando enormemente la cobertura, la tasa de error no puede ser corregida en las regiones que tienden a acumular errores.

  • No se producen alteraciones por la PCR

    El ADN secuenciado es el ADN original de la muestra ya que, para la preparación de la librería, no se necesita en ningún momento amplificación por PCR.

  • Capacidad de detectar directamente modificaciones en los nucleótidos

    Esta es hoy día la única tecnología capaz de detectar directamente no solo modificaciones de tipo 5-metil citosina sino  todos los tipos de modificaciones de nucleótidos. Es necesaria una cobertura alta para su detección. 

Desventajas de PacBio

  • Alta tasa de error en las reads (no en los ensamblajes)

    PacBio ofrece dos tipos de reads: las Standard Long Reads  y las reads CCS (Circular Consensus Sequencing) con una menor tasa de error en su secuencia ya que cada fragmento se lee varias veces.

    Con los nuevos sistemas de ensamblaje que aconseja PacBio, incluso usando únicamente Standard Long Reads, se consiguen ensamblajes de novo con una tasa de error realmente baja y con una precisión en regiones con secuecias repetitivas o genes que tienen varias copias que es inalcanzable con tecnologías de reads cortas.

  • Necesidad de una cantidad relativamente alta de ADN

    La no utilización de PCR está relacionada con la necesidad de partir de una mayor cantidad de ADN inicial.

NUESTRA EXPERIENCIA CON PACBIO

En Era7 Bioinformatics tenemos bastante experiencia analizando datos de PacBio.  Dentro de nuestro proyecto NEXTmicro hemos ensamblado de novo 2 genomas de bacterias involucradas en outbreaks secuenciadas únicamente con PacBio. Una de ellas fue una Klebsiella pneumoniae multiresistente de un brote del Hospital Ramón y Cajal y otra un Enterococcus faecium que supone un problema en varios países europeos.

Puede ver  a continuación 2 posters que presentamos al último Congreso de la ECCMID.

Poster ECCMID Klebsiella pneumoniae con PacBio

Poster ECCMID Klebsiella pneumoniae con PacBio

Poster ECCMID que incluye un genoma de Klebsiella pneumoniae secuenciado sólo con PacBio que cosiguió cerrarse totalmente tras un ensamblaje de novo.

 

Puede descargar una versión miniatura del poster aquí:

Publicado el 09-08-2014 - Última actualización: 10-08-2014

Poster ECCMID Klebsiella pneumoniae | PDF | 1.72 MB

Poster ECCMID Enterecoccus faecium con PacBio

Poster ECCMID Enterecoccus faecium con PacBio

Poster ECCMID que incluye un genoma de Enterecoccus faecium secuenciado sólo con PacBio que fue ensamblado de novo y se logró cerrar por completo en el cromosoma y sus plámidos.

 

Puede descargar una versión miniatura del poster aquí:

Publicado el 09-08-2014 - Última actualización: 10-08-2014

Era7_Poster_ECCMID_2014_Enterococcus_faecium_genomes.pdf | PDF | 1.74 MB

Pacific Bioscience seleccionó BG7 como partner product

Pacific Biosciences seleccionó  nuestro método de anotación de genomas bacterianos BG7 como "partner product":

        - http://www.pacificbiosciences.com/products/partner_products/

Animación sobre cómo obtener genomas bacterianos de novo utilizando únicamente PacBio

Animación sobre cómo corregir los errores de secuenciación distribuidos de forma aleatoria de PacBio

CONTACTA CON ERA7

Si desea saber más acerca de lo que la tecnología PacBio puede hacer por su proyecto, por favor póngase en contacto con nosotros.