CARDIOBIOME

CARDIOBIOME

El proyecto CARDIOBIOME se centra en el desarrollo de una plataforma bioinformática integrada con la historia clínica electrónica del paciente para el análisis del microbioma humano. El infarto de miocardio agudo es la patología elegida como prueba de concepto.

El Ministerio de Industria, a través del CDTI, ha concedido fondos por 1 millón de euros al consorcio CARDIOBIOME, en el que Bioinformatics llevará a cabo la tarea de desarrollo de una plataforma bioinformática basada en tecnologíacloud para analizar datos 16S procedentes de microbiomas humanos,  así como facilitar la integración con la historia clínica electrónica del paciente según estándares como HL/, FHIR y SMART.

El proyecto se centrará en el infarto agudo de miocardio como prueba de concepto e implicará la secuenciación de más de 4000 muestras de pacientes.

Este novedoso proyecto de I+D constituye un nuevo impulso para conseguir nuestro objetivo de convertirnos en referencia internacional en metagenómica 16S, especialmente en proyectos relacionados con microbioma.

El interés generalizado en ir integrando datos procedentes de la genómica en los procedimientos de salud e historias clínicas electrónicas de pacientes debería estar complementado con la integración de resultados de metagenómica 16S, ya que estos resultados están llamados a ser muy importantes como biomarcadores en la prevención, diagnóstico y seguimiento de muchas enfermedades. En Era7 estamos convencidos de que la medicina de precisión incorporará tarde o temprano en las historias clínicas electrónicas datos de metagenómica 16S de diferentes microbiomas (sangre, digestivo, piel, respiratorio) o de regiones específicas de enfermedad, como tumores o abscesos.

declara Eduardo Pareja, CEO de Era7.  

El análisis del microbioma es una de las aplicaciones de mayor crecimiento dentro de las tecnologías de secuenciación masiva o NGS, con implicaciones importantísimas no sólo en la salud humana, sino también en otros sectores como la salud animal, la agricultura y la ganadería o incluso la industria energética (biocombustibles).

Además de esta financiación de 400.000 euros, Era7 ha recibido fondos adicionales para la investigación en metagenómica 16S.

BIG4

BIG4

BIG4 es una red global que combina los métodos más avanzados de genómica, filogenética, informática, taxonomía, publicación de la biodiversidad semántica y de la ciencia cívica, para obtener un competitivo programa de entrenamiento interdisciplinar para 15 ESRs, que hace especial hincapié en la biosistemática y que provee de un amplio abanico de habilidades complementarias y transferibles potencialmente a otras disciplinas científicas, a los negocios o a la industria. Estos 15 futuros líderes ampliarán la exploración de los cuatro más grandes grupos de organismos de un modo mucho más directo de lo que se haya hecho antes.

El se focaliza en los  4 grandes grupos (BIG4) de insectosColeoptera (escarabajos), Hymenoptera (avispas, hormigas y abejas), Diptera (moscas y mosquitos), y Lepidoptera (mariposas y polillas) y está justificado por la enorme abundancia de estas formas de vida, y por la creciente necesidad de la ciencia y la sociedad de hacer mejor uso del enorme potencial que esconden en su diversidad biológica.

Los objetivos de BIG4 son [1] ganar un conocimiento robusto y sistemático que expliquen el origen evolucionario, la diversificación, y las distribuciones pasadas y presentes de estos organismos, [2] modelar su futura dispersión y [3] predecir las características de las especies aún desconocidas. Además, BIG4 se esfuerza por [4] implementar las características de los organismos en soluciones útiles para la ingeniería, medicina, agricultura o medio ambiente; la mecánica del vuelo de los insectos y una más efectiva polinización, por nombrar algunos. Tal conocimiento está particularmente muy demandado con respecto a los cuatro grupos mayoritarios de insectos que comprenden los organismos modelo más importantes, las más peligrosas plagas o vectores de enfermedades, las especies invasivas más abundantes y las comunidades de especies más frágiles en vías de extinción debido a la destrucción de su hábitat. Integrando la academia con los sectores público y privado, BIG4 aumentará enormemente el número de servicios y productos beneficiosos que nacen de la biosistemática como ciencia. BIG4 promocionará la mega-diversidad de los insectos como un poderoso servicio para necesidades económicas y sociales como la monitorización medioambiental, el control biológico, la biomedicina o la agricultura ecológica. Y sobre todo, se promoverá en los 15 ESRs entrenados con BIG4 un entendimiento verdaderamente holístico de la Vida según la ciencia y su apreciación por la sociedad para la protección y el uso sostenible de la biosfera terrestre.

Era7 Bioinformatics se basa en la investigación. Así, estamos y hemos llevado a cabo muchos proyectos de investigación. Algunos de ellos han sido parcialmente financiados por agencias regionales, nacionales o internacionales:

NEXTMICRO: Una plataforma bioinformática diseñada para manejar datos de brotes con NGS

NEXTMICRO: Una plataforma bioinformática diseñada para manejar datos de brotes con NGS

El proyecto fue financiado en parte por el CDTI (Centro para el Desarrollo Técnico Industrial) y fue desarrollado durante 2012 y 2013. 

El objetivo del proyecto fue el desarrollo de una plataforma capaz de manejar todos los datos de la secuenciación NGS y otros datos asociados de importancia en un brote.

El proyecto NEXTMICRO incluye el sistema de anotación BG7 (Vea la publicación sobre BG7 en PLOS ONE) y las nuevas pipelines de Cloud computing y servicios especialmente diseñados o adapatados a manejar los datos de NGS de brotes en hospitales y comunidades. 

Este proyecto ha mejorado nuestros servicios para hospitales e instituciones sanitarias y nos permitirá proporcionar:

               - Ayuda en el diseño de estrategias de secuenciación específicas

               - Servicios de Secuenciación

               - Ensamblaje y anotación funcional basada en BG7

               - Almacenamiento en Cloud y manejo de los datos

               - Informes adaptados al ambiente clínico

               - Ayuda en el diseño de métodos de diagnóstico molecular (MLST, PCR)

               - Seguimiento epidemiológico de los brotes y secuenciación de nuevos aislados relacionados si es necesario

INTERCROSSING: Un proyecto ITN Europeo sobre Next Generation Sequencing, Cloud Computing y Poblaciones Genéticas

INTERCROSSING: Un proyecto ITN Europeo sobre Next Generation Sequencing, Cloud Computing y Poblaciones Genéticas

El proyecto INTERCROSSING es un proyecto ITN de la Unión Europea. En este proyecto 13 jóvenes investigadores están aprendiendo sobre NGS, Cloud Computing y Genética de poblaciones. Era7 Bioinformatics participa en este proyecto acogiendo a dos investigadores para trabajar en nuevos enfoques matemáticos para manejo de datos de NGS usando Cloud Computing. 

El proyecto INTERCROSSING comenzó en 2012 y continuará hasta 2015.

Ver también: http://intercrossing.wikispaces.com/

BRACHVAC: Desarrollo de una vacuna global contra Brachyspira

Este proyecto fue llevado a cabo por un consorcio del que Era7 Bioinformatics formó parte. El consorcio fue financiado por el programa INNPACTO del Ministerio de Economia y Competitividad.

El objetivo de este proyecto fue el desarrollo de una vacuna global contra Brachyspira hyodysenteriae y Brachyspira pilosicoli mediante genómica bacteriana, proteómica y producción de proteínas recombinantes.

La referencia del proyecto es:  IPT-2011-0735-010000 y el título oficial: “Desarrollo de una vacuna global frente a Brachyspira hyodysenteriae y Brachyspira pilosicoli mediante análisis pan-genómico estructural y funcional combinado con tecnologías de producción de proteínas recombinantes”

BIG4: Una red global para el estudio de los "big 4" grupos de insectos

BIG4 es una red global que combina los métodos más avanzados de genómica, filogenética, informática, taxonomía, publicación de la biodiversidad semántica y de la ciencia cívica, para obtener un competitivo programa de entrenamiento interdisciplinar para 15 ESRs, que hace especial hincapié en la biosistemática y que provee de un amplio abanico de habilidades complementarias y transferibles potencialmente a otras disciplinas científicas, a los negocios o a la industria. Estos 15 futuros líderes ampliarán la exploración de los cuatro más grandes grupos de organismos de un modo mucho más directo de lo que se haya hecho antes.

El urgente foco en los “big cuatro” grupos de insectos, por ej. Coleoptera (escarabajos), Hymenoptera (avispas, hormigas y abejas), Diptera (moscas y mosquitos), y Lepidoptera (mariposas y polillas) está justificado por la enorme abundancia de estas formas de vida, y por la creciente necesidad de la ciencia y la sociedad de hacer mejor uso del enorme potencial que esconden en su diversidad biológica. Los objetivos de BIG4 son [1] ganar un conocimiento robusto y sistemático que expliquen el origen evolucionario, la diversificación, y las distribuciones pasadas y presentes de estos organismos, [2] modelar su futura dispersión y [3] predecir las características de las especies aún desconocidas. Además, BIG4 se esfuerza por [4] implementar las características de los organismos en soluciones útiles para la ingeniería, medicina, agricultura o medio ambiente; la mecánica del vuelo de los insectos y una más efectiva polinización, por nombrar algunos. Tal conocimiento está particularmente muy demandado con respecto a los cuatro grupos mayoritarios de insectos que comprenden los organismos modelo más importantes, las más peligrosas plagas o vectores de enfermedades, las especies invasivas más abundantes y las comunidades de especies más frágiles en vías de extinción debido a la destrucción de su hábitat. Integrando la academia con los sectores público y privado, BIG4 aumentará enormemente el número de servicios y productos beneficiosos que nacen de la biosistemática como ciencia. BIG4 promocionará la mega-diversidad de los insectos como un poderoso servicio para necesidades económicas y sociales como la monitorización medioambiental, el control biológico, la biomedicina o la agricultura ecológica. Y sobre todo, se promoverá en los 15 ESRs entrenados con BIG4 un entendimiento verdaderamente holístico de la Vida según la ciencia y su apreciación por la sociedad para la protección y el uso sostenible de la biosfera terrestre.

ONCOEXPERT: Para una mejora en el diagnóstico y tratamiento del cáncer

Este proyecto busca desarrollar una herramienta que ayude al profesional sanitario a disponer de un mejor diagnóstico y un mejor enfoque terapéutico para el tratamiento del cáncer y que este proceso al ser universal ayude a las guías médicas para su implantación en cualquier centro de salud. Se basa en disponer de una evaluación priorizada de la enorme cantidad de información clínica y molecular de datos experimentales que se pueden generar para un determinado paciente, que se pueda implantar en cualquier entorno y que permita evitar terapias innecesarias, para cualquier tipo de cáncer.  

El diagnóstico preciso e individualizado sigue siendo un reto en el abordaje del paciente oncológico. Tumores muy similares en histopatología y en estadio clínico pueden responder a la misma terapia de forma radicalmente distinta, por lo que es necesario tener en cuenta todas las variables del paciente, como marcadores moleculares, genéticos, etc. Por otra parte, los distintos tratamientos siguen siendo sub-óptimos. La cirugía con frecuencia no erradica tumores localmente avanzados, se calcula que fracasa aproximadamente en un 30% de los pacientes. La radioterapia fraccionada fracasa en un 35% de los pacientes tratados porque la toxicidad en los tejidos normales limita la capacidad de tratar a dosis altas más curativas. La quimioterapia es capaz de eliminar tumores microscópicos residuales pero no de erradicar lesiones tumorales macroscópicas de forma permanente.

Los avances realizados en los últimos veinte años en el campo de la biología del cáncer y en el diseño de nuevos medicamentos nos permiten contemplar la práctica de una medicina individualizada, o personalizada, para tratar aquellos  enfermos que padecen de tumores con dianas terapéuticas identificadas.