RNA-seq para Bacteria: desde la expresión génica en un clon bacteriano a la Metatranscriptómica

RNA-seq está siendo cada vez más usado para explorar la expresión génica en bacterias, para conseguir información sobre el transcriptoma de un clon específico, de una comunidad bacteriana reducida o sobre el meta-transcriptoma de una comunidad bacteriana compleja. 

Dual RNA-Seq : descifrando las relaciones Huésped-Patógeno

Es un enfoque reciente, muy potente y útil para investigar las relaciones entre huésped y patógeno. Esta estrategia es posible gracias al alto rendimiento de las tecnologías de Next Generation Sequencing. NGS permite secuenciar el RNA de ambos, el huésped y el patógeno. De esta forma pueden descubrirse interacciones desconocidas entre el patógeno y el huésped.

RNA-Seq para organismos no-modelo: una perspectiva única para transcriptomas de novo

RNA-seq permite un análisis rápido y completo de transcriptomas de organismos sin genoma de referencia disponible. Incluso en este caso de transcriptomas de novo RNA-Seq permite realizar la caracterización de los genes expresados, su anotación funcional, la cuantificación de su expresión y la detección de los genes expresados de forma diferencial. La secuenciación NGS de los transcriptomas puede ser una primera aproximación a un genoma ya que nos permite obtener conocimiento sobre los exomas de genomas desconocidos. 

RNA-Seq para organismos modelo: aplicando las pipelines más avanzadas

RNA-Seq es la nueva alternativa a los microarrays para analizar la exprexión génica. RNA-Seq permite obtener un rápido perfil de tu transcriptoma y conocer en profundidad aspectos específicos como:

  • Análisis de los sitios de splicing responsables de la expresión de isoformas 

  • RNA reguladores (smallRNAs, microRNAs, diferentes tipos de ncRNA)

  • Cuantificación de la expresión génica

  • Análisis de la expresión diferencial entre distintas muestras

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