RNA-seq Dual: Relaciones Huésped-Patógeno

"Dual-RNA-Seq" es un enfoque muy actual, potente y útil para investigar las relaciones Huésped-Patógeno. Este enfoque es posible gracias al alto rendimiento de las tecnologías Next Generation Sequencing actuales. NGS permite la secuenciación del RNA del huésped y del patógeno partiendo de una misma muestra. De esta forma pueden descubrirse interacciones desconocidas entre el patógeno y el huésped y analizar en profundidad la relación de la expresión génica de ambos.

Sin embargo, el diseño y el análisis de los datos de los experimentos de Dual-RNA es una tarea compleja. Deben considerarse muchos aspectos, y la mejor opción para cada variable dependerá del huésped, el patógeno o el tipo de infección. Es importante decidir la profundidad a la que se quiere llevar a cabo el experimento de secuenciación, el tipo de procesamiento de la muestra, las propiedades de las librerías de secuenciación y otros detalles que son cruciales para el éxito de la aproximación experimental. Además, es muy importante tener en cuenta si puede ser importante analizar también miRNAs y sRNAs.

Tras desarrollar el experimento, en la fase de análisis, además del análisis del RNA-Seq en sí mismo, es importante analizar los resultados intentando descifrar las interacciones entre huésped y patógeno y, si es posible, describir la red de interacciones entre ambos. 

En Era7 Bioinformatics podemos ayudarte con todas estas tareas, desde el diseño del experimento al análisis de datos, incluyendo incluso la búsqueda manual de información en la literatura y en las bases de datos para descubrir las redes de interacción Huésped-Patógeno.

 

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