Estrategias para la secuenciación NGS de amplicones de HLA

La secuenciación de amplicones de los alelos de HLA es probablemente el mejor método para conocer qué alelo u alelos están presentes en un individuo, e incluso para descubrir nuevos alelos. Dependiendo de la tecnología que se use existen distintos enfoques: 

  • Tecnologías de reads cortas como Illumina. En este caso la mejor estrategia y la más segura sería la amplificación de exones y su posterior secuenciación.
  • Utilizando PacBio se podría aplicar la estrategia de amplificar los genes HLA enteros. En este caso, se debería tener en cuenta que de los alelos de HLA conocidos sólo se conoce en realidad la secuencia de algunos de sus exones, y no la de los genes enteros. Sin embargo, es posible utilizar sólo la información de los exones. 

La aplicación de las tecnologías NGS para la secuenciación de amplicones de HLA permite conseguir información de un enorme número de muestras a un precio muy asequible.

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