investigación en Genómica bacteriana

Una gran parte de la actividad investigadora de Era7 Bioinformatics Unit se desarrolla dentro del área de Genómica bacteriana.

 

Era7 Bioinformatics participa activamente en este campo de investigación especialmente en las áreas:

 

regulación transcripcional
Hemos desarrollado ExtraTrain, una base de datos de factores de transcripción bacterianos y secuencias intergénicas no codificantes. En Era7 Bioinformatics estamos interesados en los factores de transcripción y sus sitios de unión al ADN. Actualmente también nos interesan nuevos paradigmas para representar y analizar las redes de transcripción desde un punto de vista de biolgía de sistemas.
regiones extragénicas: palíndrómicas y repetitivas
Dentro del campo de la genómica bacteriana y de la regulación de la transcripción estamos especialmente interesados en las regiones extragénicas. En este tipo de regiones se pueden encontrar importantes señales para la regulación de la transcripción. La palindromía y las repeticiones de secuencias son dos de los aspectos de las regiones extragénicas que más nos llaman la atención

Publicaciones

The innate immunity role of cathepsin-D is linked to Trp-491 and Trp-492 residues of listeriolysin O.
Carrasco-Marín E, Madrazo-Toca F, de Los Toyos JR, Cacho-Alonso E, Tobes R, Pareja E, Paradela A, Albar JP, Chen W, Gomez-Lopez MT, Alvarez-Dominguez C.
Mol Microbiol. 2009 Apr 6.
Characterization of a Listeria monocytogenes protein interfering with Rab5a.
Alvarez-Dominguez C, Madrazo-Toca F, Fernandez-Prieto L, Vandekerckhove J, Pareja E, Tobes R, Gomez-Lopez MT, Del Cerro-Vadillo E, Fresno M, Leyva-Cobián F, Carrasco-Marín E.
Traffic. 2008 Mar;9(3):325-37.
Cutting edge: natural DNA repetitive extragenic sequences from gram-negative pathogens strongly stimulate TLR9.
Magnusson M, Tobes R, Sancho J, Pareja E.
J Immunol. 2007 Jul 1;179(1):31-5.
Bacterial repetitive extragenic palindromic sequences are DNA targets for Insertion Sequence elements.
Tobes R, Pareja E.
BMC Genomics. 2006 Mar 24;7:62. Review.
ExtraTrain: a database of Extragenic regions and Transcriptional information in prokaryotic organisms.
Pareja E, Pareja-Tobes P, Manrique M, Pareja-Tobes E, Bonal J, Tobes R.
BMC Microbiol. 2006 Mar 15;6:29.
Repetitive extragenic palindromic sequences in the Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000 genome: extragenic signals for genome reannotation.
Tobes R, Pareja E.
Res Microbiol. 2005 Apr;156(3):424-33. Epub 2005 Jan 28.
Growth phase-dependent expression of the Pseudomonas putida KT2440 transcriptional machinery analysed with a genome-wide DNA microarray.
Yuste L, Hervás AB, Canosa I, Tobes R, Jiménez JI, Nogales J, Pérez-Pérez MM, Santero E, Díaz E, Ramos JL, de Lorenzo V, Rojo F.
Environ Microbiol. 2006 Jan;8(1):165-77
The TetR family of transcriptional repressors.
Ramos JL, Martínez-Bueno M, Molina-Henares AJ, Terán W, Watanabe K, Zhang X, Gallegos MT, Brennan R, Tobes R.
Microbiol Mol Biol Rev. 2005 Jun;69(2):326-56
REP code: defining bacterial identity in extragenic space.
Tobes R, Ramos JL.
Environ Microbiol. 2005 Feb;7(2):225-8.
BacTregulators: a database of transcriptional regulators in bacteria and archaea.
Martínez-Bueno M, Molina-Henares AJ, Pareja E, Ramos JL, Tobes R.
Bioinformatics. 2004 Nov 1;20(16):2787-91
Detection of multiple extracytoplasmic function (ECF) sigma factors in the genome of Pseudomonas putida KT2440 and their counterparts in Pseudomonas aeruginosa PA01.
Martínez-Bueno MA, Tobes R, Rey M, Ramos JL.
Environ Microbiol. 2002 Dec;4(12):842-55.
Species-specific repetitive extragenic palindromic (REP) sequences in Pseudomonas putida.
Aranda-Olmedo I, Tobes R, Manzanera M, Ramos JL, Marqués S.
Nucleic Acids Res. 2002 Apr 15;30(8):1826-33.
AraC-XylS database: a family of positive transcriptional regulators in bacteria.
Tobes R, Ramos JL.
Nucleic Acids Res. 2002 Jan 1;30(1):318-21.